واحد گمرک اختصاصی موضوع ماده (۳۲) قانون از لحاظ تشکیلاتی تابع یک گمرک اجرایی بوده و با استقرار مأموران اعزامی تشریفات گمرکی مورد نظر به طور کامل در آن واحد انجام می‌شود. واحدهای گمرکی اختصاصی به استثنای مواد (۲۷) تا (۲۹) قانون تابع مقررات مربوط به انبارهای اختصاصی و از سایر جهات مشمول مقررات انبارهای گمرکی خواهند بود.
