اشخاصی که کسر دریافتی از آن ها مطالبه می شود هرگاه نسبت به مبلغ مورد مطالبه اعتراض داشته باشند می توانند ظرف سی روز از تاریخ ابلاغ مطالبه نامه دلایل اعتراض خود را به طور کتبی به گمرک اعلام دارند.
در این صورت گمرک به اعتراض نامه رسیدگی میکند و در مواردی که اعتراض موجه شناخته شود از ادامه مطالبه خودداری می نماید وگرنه دلیل رد اعتراض را به مؤدی ابلاغ می کنند که در آن صورت چنانچه صاحب کالا به اعتراض خود باقی باشد می تواند ظرف ده روز از تاریخ ابلاغ بدون تودیع سپرده، درخواست ارجاع پرونده به کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی را نماید. ارجاع پرونده بعد از مهلت های فوق حداکثر تا شش ماه امکان پذیر است و مستلزم تأمین مبلغ مورد مطالبه میباشد.